Apprendre à Programmer avec Python facilement
Apprendre à Programmer avec Python facilement
1 Introduction
1.1 Avant de commencer
Avant de débuter ce cours, voici quelques indications générales qui pourront vous servir pour la suite.
– Familiarisez-vous avec le sitewww.python.org. Il contient énormément d’informations et de liens sur Python et vous permet en outre de le télécharger pour différentes plateformes (Linux, Mac, Windows). La page d’index des modules est particulièrement utile.
– Pour aller plus loin avec Python, Gérard Swinnen a écrit un très bon livre intitulé Apprendre à programmer avec Python et téléchargeable gratuitement. Les éditions Eyrolles proposent également la version papier de cet ouvrage.
– Ce cours est basé sur une utilisation de Python sous Linux mais il est parfaitement transposable aux systèmes d’exploitation Windows et Mac.
– L’apprentissage d’un langage informatique comme Python va nécessiter d’écrire des lignes de codes à l’aide d’un éditeur de texte. Si vous êtes débutants, nous vous conseillons vivement d’utiliser gedit ou nedit, qui sont les plus proches des éditeurs que l’on peut trouver sous Windows (notepad). Des éditeurs comme emacs et vi sont très puissants mais nécessitent un apprentissage particulier.
1.2 Premier contact avec Python sous Linux
Python est un langage interprété, c’est-à-dire que chaque ligne de code est lue puis interprétée afin d’être exécutée par l’ordinateur. Pour vous en rendre compte, lancez la commande
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Table des matières :
1 Introduction 6
1.1 Avant de commencer . 6
1.2 Premier contact avec Python sous Linux 6
1.3 Premier programme Python . 7
1.4 Commentaires . 8
1.5 Séparateur d’instructions . 8
1.6 Notion de bloc d’instructions et d’indentation 8
2 Variables 10
2.1 Types 10
2.2 Nommage . 11
2.3 Opérations . 11
3 Écriture 13
3.1 Écriture formatée . 13
3.2 Exercices 15
4 Listes 16
4.1 Définition . 16
4.2 Utilisation . 16
4.3 Opération sur les listes 16
4.4 Indiçage négatif et tranches . 17
4.5 Fonctions range et len 18
4.6 Listes de listes . 18
4.7 Exercices 19
5 Boucles et comparaisons 20
5.1 Boucles for . 20
5.2 Comparaisons . 22
5.3 Boucles while . 23
5.4 Exercices 23
6 Tests 26
6.1 Définition . 26
6.2 Tests à plusieurs cas 26
6.3 Tests multiples . 27
6.4 Instructions break et continue 28
6.5 Exercices 29
7 Fichiers 31
7.1 Lecture dans un fichier 31
7.2 Écriture dans un fichier 33
7.3 Méthode optimisée d’ouverture et de fermeture de fichier 34
7.4 Exercices 34
8 Modules 36
8.1 Définition . 36
8.2 Importation de modules . 36
8.3 Obtenir de l’aide sur les modules importés 37
8.4 Modules courants . 38
8.5 Module sys : passage d’arguments . 38
8.6 Module os . 39
8.7 Exercices 40
9 Plus sur les chaînes de caractères 42
9.1 Préambule . 42
9.2 Chaînes de caractères et listes 42
9.3 Caractères spéciaux 42
9.4 Méthodes associées aux chaînes de caractères . 43
9.5 Conversion de types . 45
9.6 Conversion d’une liste de chaînes de caractères en une chaîne de caractères . 45
9.7 Exercices 46
10 Plus sur les listes 48
10.1 Propriétés des listes 48
10.2 Test d’appartenance 49
10.3 Copie de listes . 49
10.4 Exercices 51
11 Dictionnaires et tuples 52
11.1 Dictionnaires 52
11.2 Tuples 53
11.3 Exercices 54
12 Fonctions 55
12.1 Principe . 55
12.2 Définition . 55
12.3 Passage d’arguments . 56
12.4 Portée des variables 57
12.5 Portée des listes 58
12.6 Règle LGI 59
12.7 Exercices 60
13 Expressions régulières et parsing 62
13.1 Définition et syntaxe . 62
13.2 Module re et fonction search . 63
13.3 Exercices : extraction des gènes d’un fichier genbank . 66
14 Création de modules 67
14.1 Création 67
14.2 Utilisation . 67
14.3 Exercices 68
15 Autres modules d’intérêt 69
15.1 Module urllib2 . 69
15.2 Module pickle . 70
15.2.1 Codage des données . 70
15.2.2 Décodage des données 71
15.3 Exercices 71
16 Modules d’intérêt en bioinformatique 72
16.1 Module numpy 72
16.1.1 Objets de type array . 72
16.1.2 Un peu d’algèbre linéaire 76
16.1.3 Un peu de transformée de Fourier . 76
16.2 Module biopython 77
16.3 Module matplotlib 78
16.4 Module rpy 80
16.5 Exercice numpy 82
16.6 Exercice rpy 83
17 Avoir la classe avec les objets 84
17.1 Exercices 84
18 Gestion des erreurs 85
19 Trucs et astuces 88
19.1 Shebang et /usr/bin/env python 88
19.2 Python et utf-8 . 88
19.3 Vitesse d’itération dans les boucles . 88
19.4 Liste de compréhension . 89
19.5 Sauvegardez votre historique de commandes . 90
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