Comment compiler un programme MATLAB
Comment compiler un programme MATLAB
1- Introduction
Le compilateur MATLAB génère un code source C à partir d’une fonction MATLAB. Le code C généré par le compilateur MATLAB peut être:
soit un code source C pour construire des fonctions MATLAB compilées (’MEX-files’).
soit un code source C pour combiner avec d’autres modules pour former une application externe qui puisse fonctionner sans MATLAB.
2- Pourquoi compiler des fonctions MATLAB ?
Il y a au moins trois bonnes raisons pour compiler une fonction MATLAB:
Pour augmenter la vitesse
Pour cacher le code source pour diffuser vos travaux et éviter que votre code soit modifié. Pour créer une application indépendante de MATLAB.
Un code C compilé tourne plus vite que son équivalent en MATLAB car :
Un programme compilé tourne plus vite qu’un programme interprété.
Un code C contient des données de types plus simple. Pour MATLAB toutes les données sont des matrices (des tableaux).
MATLAB vérifie la taille des tableaux à chaque affectation d’élément ce que l’on peut eviter de faire en C.
MATLAB doit ré-allouer de la mémoire en cours d’exécution la ou en C on peut l’eviter.
La compilation d’une fonction MATLAB n’apportera pas forcement de gain si :
la fonction MATLAB est fortement vectorisée.
la fonction MATLAB passe beaucoup de temps à utiliser des fonctions internes MATLAB mathématiques (très rapide) et graphiques (très lent).
La compilation apportera des gains de temps si la fonction MATLAB :
contient des boucles (for,while).
contient des variables que le compilateur traduit en ’real’ ou en ’integer’. ne travaille que sur des réelles.
3 - Création d’une fonction MATLAB compilée ’MEX-files’
a) Mécanisme de base
Le compilateur MATLAB ’mcc’ transforme une fonction MATLAB en code source C qui est ensuite compilé par l’outil ’cmex’. Celui-ci génère un code compilé (avec comme extension ’.mexrs6’) de la fonction qui sera automatiquement utilisé à la place de la fonction MATLAB correspondante.
Soit la fonction MATLAB suivante ’carre1’ qui va nous servir d’exemple:
function mat=carre1(n); % calcul test for i=1:n mat=sqrt(i)*i;
Pour compiler on tape sous MATLAB :
>> mcc carre1.m
On obtient un code source C ’carre1.c’ et un exécutable ’carre1.mexrs6’ qui sera utilisé à la place de ’carre1.m’. Ces deux fichiers se trouve dans le répertoire courant. L’utilisation de l’outil ’cmex’ est transparent pour l’utilisateur.
Pour lancez la fonction on tape par exemple :
>> carre1(100)
Si l’on desire des informations sur la compilation l’option ’-v’ permet d’avoir toutes les informations en cours de la compilation.
>> mcc -v carre1.m
b) Optimisation
Pour optimiser une fonction MATLAB on peut supprimer :
la vérification du dimensionnement des tableaux: option ’-i’. (pas de vérifcation en cas de debordement de tableau)
spécifier qu’il n’y a pas de variables du type complexe dans votre fonction, si c’est le cas bien sur ! option ’-r’
Essayons ces options :
>> mcc -ri carre1
La compilation réussie mais cela ne veux pas forcement dire que le programme marche. Ici si on lance carre1, on obtient un message d’erreur vraiment méchant. Car en fait on a un redimensionnement de la matrice ’mat’ à chaque itération ce qui est incompatible avec l’option ’-i’.
Le pré-dimensionnement de tableau permet d’éviter ce problème. Avant tout il faut savoir qu’il permet d’obtenir des gains de performances assez considérables que ce soit pour une fonction compilée que pour une fonction interprétée.
En tenant compte de ces conseils voici ’carre2.m’, une version amélioré de carre1.m
function mat=carre2(n); % déclaration d’une matrice d’élément nul de taille 1,n mat=zeros(1,n); for i=1:n mat=sqrt(i)*i; end
Le tableau suivant montre les gains de performances obtenus suivant les options de compilations. Les calculs du temps d’exécution sont fait à l’aide des fonctions ’tic’ et ’toc’ pour un nombre d’itérations n=10000.
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Si on compare le temps d’éxecution de la fonction ’carre1’ inteprété sous MATLAB et la version optimisé et compilé ’carre2’, celle-ci est 447 fois plus rapide que ’carre1’.
c) Compilation simultané de plusieurs fonctions
Si une fonction fait appel à une ou plusieurs autres fonctions que vous avez écrites, vous pouvez les compilées en même temps. Attention, il faut que la fonction principale soit la première citée parmi les arguments pour le compilateur . Par exemple :
>> mcc fonction-principale.m fonction1.m fonction2.m
On génère un fonction compilée ’fonction-principale.mexrs6’, il n’y a pas de ’fonction1.mexrs6’ et ’fonction2.mexrs6’
4 - Création d’une application externe indépendante de MATLAB. a) Mécanisme de base
Si l’on invoque le compilateur MATLAB avec la bonne option ’mcc -e’, celui-ci génère un code C qui peut être intégré dans vos propres applications C. Après la compilation de votre application C à l’aide de l’outil ’mccbuild’ les différents programmes objet sont linkés avec les librairies suivantes :
’MATLAB Math built-In Library’ qui contient la version compilée de la plupart des routines mathématiques internes de MATLAB.
’MATLAB Math Toolbox Library’ qui contient la version compilée des routines mathématiques externes de MATLAB (script).
’MATLAB Compiler Library’ qui contient des routines spéciales pour la manipulations de certaines structures de données.
’ANSI C Math library’ librairie mathématique standard fourni par le constructeur de la machine.
Vous obtenez alors un code exécutable sur toutes les plate-formes IBM RS/6000 du Centre.
Voyons un exemple, reprenons la fonctions ’carre2.m’. Pour générer le code C approprié on tape :
>> mcc -e carre2.m
On obtient un programme C ’carre2.c’ qui peut être intégré dans un programme C externe.
Si on a écrit un programme C ’main.c’ qui utilise la fonction ’carre2’ on compilera le tout en tapant sous UNIX sur Bach:
$ mccbuild -o main main.c carre2.c
Bien entendu les gains en vitesse d’exécution sont du même ordre que ceux obtenus au paragraphe précèdent. Il est possible de combiner l’option ’-e’ avec les options ’-i’ et ’-r’ vus précédemment.
b) Ecriture d’un programme principale en MATLAB
Pour éviter d’écrire un programme principale en C, on peut écrire la fonction ’main’ et la compiler. En C ’main’ est le nom de la fonction principale. Par exemple :
function h=main % juste un calcul, n’affiche rien carre2(10000);
On compile les deux fonctions:
>> mcc -e main.m
>> mcc -e carre2.m lancement de la commande UNIX mccbuild depuis MATLAB >> !mccbuild -o main main.c carre2.m
On peut maintenant exécuter le programme ’main’ sur n’importe quel IBM RS/6000 du Centre.
c) Ecriture d’une seule fonction MATLAB
Si on a une fonction qui n’a pas de paramètre en entrée, on peut la compiler sans avoir à créer un programme principale. Pour cela, il faut créer un programme ’main.c’
On procède ainsi, on copie sous UNIX la fonction ’fonction.m’ dans ’main.m’:
>> !cp fonction.m main.m On genère le code C ’main.c’ qui comporte la fonction ’main’.
>> mcc -e main.m
Puis on génère l’exécutable sous UNIX
$ mccbuild -o monprog main.c
On peut maintenant utiliser le programme exécutable ’monprog’
d) Génération de fonctions objets
Le génération de fonctions objets ’.o’ est intéressante à deux titre :
Si on developpe une application assez importante, il est possible de ne compiler que les objets modifiés d’ou un gain de temps à la compilation.
On peut ne fournir à un autre utilisateur que les fonctions objets ce qui assure une bonne confidentialité (c’est du binaire)
Voici un exemple pour obtenir des fonctions objets:
Génération des programmes C sous MATLAB
>> mcc -e main.m
>> mcc -e fonction.m
Génération des programmes objet
>> cmex -c fonction.c
>> cmex -c main.c
Génération de l’exécutable sous UNIX
$ mccbuild -o prog main.o fonction.o
5 - Limitations et Restrictions
Il y a quelques restrictions qui font que le compilateur MATLAB ne peut pas transformer tous les codes MATLAB en code C. Le compilateur MATLAB ne peut pas compiler :
un script MATLAB, il faut que ce soit une fonction MATLAB, souvent il suffit de rajouter ’function f=nomfonction’ en première ligne.
un code contenant ’eval’,’input’ ou ’load’.
un code contenant la variable ’ans’. un code qui utilise les matrices creuses. un code contenant des variables dont le nom comporte un ’_’.
Il y a quelques différences d’interprétations du code entre le compilateur MATLAB et l’interpréteur.
Le compilateur MATLAB ne permet pas les opérations de comparaisons entre nombres complexes.
L’affectation d’un variable nul dans une autre variable ne sera pas correctement traité en C (exemple: a=[];x(i)=a)
Les arguments des fonctions ’zeros’,’ones’,’eyes’ et ’rand’ sont transformés en entier par le compilateur.
Restrictions supplémentaires concernant les applications externes
Les applications externes ne peuvent accéder :
aux fonctions d’E/S de MATLAB intéractives comme ’input’.
aux fonctions de debug MATLAB comme ’dbclear’. aux fonctions graphiques comme ’surf’,’plot’,’get’ et ’set’. à la fonction ’save’.
aux fonctions SIMULINK
6 - Documentation
Pour plus de renseignements tapez sous MATLAB ’help mcc’ et’help cmex’.
Consultez la documentation MATLAB qui se nomme "MATLAB Compiler User’s Guide" et "MATLAB C Math library User’s Guide" disponible au Centre de Calcul.
Vous pouvez aussi envoyer un courrier électronique à:
Copyright CRI-Centre de Calcul Auteur: Jean-Michel Gautrand
Date : le 05/11/1996
